Oficialii din domeniul sănătății din Statele Unite ar putea utiliza o serie de teste COVID-19 pentru a monitoriza răspândirea unei forme mai contagioase a virusului, care a fost identificată în țară pentru prima dată în această săptămână. Varianta se răspândește pe scară largă în Regatul Unit și a fost găsită în peste o duzină de țări până acum – inclusiv în SUA.
Experții nu cred că varianta coronavirusului este mai mortală decât alte forme ale virusului, iar vaccinurile deja dezvoltate ar trebui să protejeze în continuare împotriva noii tulpini. Dar varianta pare să se răspândească mai ușor, iar focarele necontrolate ar copleși spitalele mai repede.
Până în prezent, două cazuri din SUA au fost detectate la pacienții cu COVID-19, unul în Colorado și unul în California. Oficialii din domeniul sănătății din Colorado au declarat că pacientul din Colorado nu a călătorit în afara țării, indicând că varianta ar fi circulat înainte și că ar putea avea deja un punct de sprijin în țară. Spre deosebire de Marea Britanie, SUA efectuează foarte puține analize ale probelor de virus de la pacienții cu COVID-19 pentru a verifica mutațiile și variantele, motiv pentru care este posibil să fi fost nedetectată până acum.
În absența unei analize virale pe scară largă, oficialii pot fi capabili să urmărească varianta, cunoscută sub numele de B.1.1.7, prin testarea standard COVID-19. „Este un lucru serendipit, nu ceva ce am intenționat să se întâmple”, spune Theo Sanderson, un genetician la Institutul Francis Crick din Londra.
Cele mai tipice teste COVID-19 bazate pe gene funcționează prin căutarea dovezilor materialului genetic al coronavirusului într-un tampon de scuipat și mucus colectat de la pacienți. Virusul are un genom lung, iar testele nu caută dovezi ale întregului lucru. În schimb, de obicei caută două sau trei secțiuni.
În unele teste COVID-19, unul dintre fragmente se află pe gena coronavirus S – gena care codifică proteina spike a virusului, care permite virusului să se lege de celule. Aceasta este, de asemenea, gena în care a apărut una dintre mutațiile din noua variantă. Dacă un pacient a fost infectat cu un virus cu acea mutație specifică, testul – care este conceput pe baza formei nemutate a genei – nu va putea vedea varianta variantei. Deoarece testul ar fi în continuare capabil să vadă celelalte secțiuni ale virusului, acesta ar reveni în continuare pozitiv – doar fără gena S. Cercetătorii o numesc abandonul genei S.
În Marea Britanie, experții au reușit să utilizeze abandonul genei S ca măsurare neoficială a cantității variantei de coronavirus care circulă în diferite părți ale țării. „A fost foarte util”, spune Sanderson.
Nu este o metrică perfectă: mutațiile genei S apar și în alte variante care nu împărtășesc caracteristicile B.1.1.7. Nu fiecare abandon al genei S semnalat la un test este un virus B.1.1.7, dar cercetătorii din Marea Britanie au reușit să descurce datele și să afle cât de mult este abandonul din noua variantă. Pe măsură ce rata de infecție a variantei B.1.1.7 a crescut, rata abandonului genei S a urmărit din ce în ce mai mult.
Unele laboratoare din SUA încep să adopte strategia. Ambele variante din Colorado și California au fost găsite după semnalarea laboratoarelor Rezultatele testului COVID-19 care a avut abandonul genei S pentru o analiză completă.
Compania de genomică Helix, cu sediul în California, care efectuează testarea COVID-19, analizează, de asemenea, eșantioanele lor pentru a evidenția abandonului genei S. În octombrie, echipa de cercetare Helix a constatat că 0,25 la sută din testele lor au avut o abandonare a genei S, care a crescut la aproximativ 0,5 la sută la începutul lunii decembrie. (În unele părți ale Regatului Unit, peste 75 la sută din teste arată acest tipar.)
Pe baza acestor date, varianta este probabil încă rar in Statele Unite ale Americii. „Puteți pune o margine superioară pentru cât de mult din B.1.1.7 ar fi într-un loc, deoarece dacă nu vedeți abandonul, atunci știți că B.1.1.7 nu este acolo ”, Spune Sanderson.
Helix intenționează să-și analizeze probele de virus pentru a verifica varianta B.1.1.7, a declarat James Lu, cofondator și președinte al Helix. „Încă determinăm corelația procentuală între eșantioane cu abandonul genei S și varianta B.1.1.7. Sperăm să învățăm din secvențierea cât de puternic este un proxy ”, a scris el într-un e-mail The Verge.
Dacă se dovedește că există o relație puternică între ele, Helix va urmări în mod regulat rata abandonului genetic al genei S, a spus Lu.
Lucrul cheie de urmărit este o creștere bruscă a cantității de abandon al genei S într-o anumită regiune, spune Sanderson; acesta a fost indicatorul din Marea Britanie că noua variantă se răspândea pe scară largă. „Dacă ați vedea asta într-o anumită zonă a SUA, ar fi foarte îngrijorător”, spune el.
În mod ideal, SUA își vor extinde analiza virală pentru a urmări mai atent răspândirea variantei B.1.1.7, precum și pentru a semnaliza orice noi variante care apar. „Supravegherea genomică va fi întotdeauna mai bună”, spune Sanderson. Dar, în absența sa, monitorizarea abandonului genei S ar putea fi un bun început, spune el. „Este întotdeauna util să ai mai multe date.”
Actualizare 30 decembrie, 17:01 ET: Actualizat cu informații despre cazul California.
